例えばこのページ http://vvvvvv.sakura.ne.jp/ds14050/diary/20080112-7.html 。Endキーで末尾に移動して PageUpで戻っていくと空白の PREが目に入ると思う。その少し上にはページの内容を覆い隠す黒い領域があるはず。(そうでなければ修正されたのだろう。Firefox2で最初に確認し、Firefox3.0RC1でも直っていなかったが)
大量の PREが存在したり、一つだけでも巨大な PREが存在する場合に起こる様子。innerHTMLで PREの内容を置き換えているのも原因になっているかもしれない。
画面の末端にスクロールした状態でページをリロード(F5 or Ctrl+R)すると下方の PREが正常に表示される反面、上端付近の PREに同じ問題が生じる。遠方の PREの書き換えに問題があるのでは？
真っ白の PREの中で、右クリックしたりテキストを選択したりといったアクションを起こせば正常に表示されることが多い。
あと、PREの中から開始した選択は PREの外に出られなかったり。(これは TEXTAREAと違い PREでは Ctrl+Aで全文選択ができないために用意された代替手段だという気もする)